O Santuário Santa Isabel Rainha possui, em sua representação arquitetônica, um rico conjunto de símbolos. Consagrado pelo Cardeal-Arcebispo de São Paulo, Dom Paulo Evaristo Arns, o templo foi elevado à categoria de santuário, sendo que, em sua nave central, quatro cruzes, com velas colocadas em seus quatro pilares laterais, indicam esta consagração, que é comemorada, todos os anos, no dia 9 de agosto.

Projeto de Benedito Calixto Neto (o mesmo que criou o Santuário de Aparecida), nosso Santuário é o templo mais alto da cidade, sendo que também consta da lista dos três templos mais altos do país. Construído em estilo neoclássico-romano, possui uma torre de aproximadamente 90m de altura e também uma cúpula de 64m, esta inspirada na Catedral de Santa Maria del Fiore, em Florença. Na entrada do templo, existem três grandes portas, simbolizando a Santíssima Trindade. Suas paredes são revestidas por diversos vitrais que retratam a vida de Santa Isabel, no convívio com o povo de Portugal, além de seus milagres. Representando os apóstolos, cujos nomes estão grafados em latim – Tadaeus, Simon, Jacobus Min., Thomas, Bartholomaeus, Philippus, Jacobus Mai., Andreas, Mathaeus, Paulus, Petrus e Joannes – doze pilares externos sustentam a fachada frontal e a torre. Tal construção proporciona um considerável vão-livre interior, representando ser ainda maior devido às cores claras e amplas aberturas para entrada de luz natural, o que resulta em um bonito contraste com o granito escuro de seu piso. Esta mesma cúpula, vista pelo lado de fora, representa a coroa de Santa. Isabel, sustentada, no seu interior, por quatro estruturas em arco, que estão intencionalmente postas para representar os quatro evangelistas (João, Marcos, Lucas e Mateus). Em sua torre, que representa o cetro da rainha de forma oitavada, estão distribuídas grandes molduras, colunário, cúpula e mirante, além de diversos vitrais; possui escadaria em espiral com 407 degraus, além de elevador para 15 pessoas. Já no que tange o presbitério (área onde fica o altar), encontram-se sete arcos, que representam os sete dons do Espírito Santo. Observa-se, ainda, que no altar-mor estão gravadas cinco marcas em forma de cruz, que correspondem às cinco chagas de Cristo. Ainda no altar, existe uma pedra fundida sobre o tampo do mesmo; ali estão depositados pequenos pedaços ósseos de dois santos: São Letâncio e São Ingrácio. Na estrutura que sustenta o Altar-Mor (“os pés da mesa”) existem mais dois símbolos: Um P inserido em um X com quatro setas nas pontas: o PAX, a palavra paz em Latim. Há também a imagem de uma garça com seus filhotes sob uma cruz com a inscrição JHS – Jesus Hóstia Santa; a garça está aqui representada pelo fato de seu comportamento figurar uma grande mensagem do Evangelho: quando a garça não consegue encontrar alimento para seus filhotes, ela se bica para usar sua própria carne para alimentar os filhotes, comportamento esse que evoca a cena da Última Ceia, quando Jesus entregou seu Corpo e Sangue para o seu povo. Ainda no presbitério, localiza-se o tabernáculo, local onde ficam guardadas as hóstias consagradas. Econtram-se gravadas em suas paredes externas as figuras de doze anjos, em alto-relevo, segurando turíbulos, representando a purificação (Turíbulo é um objeto usado para queimar o incenso nas celebrações. O Incenso tem o significado da purificação). Na porta de acesso às hóstias, no lado externo, existe uma Cruz das Missões, que possui mais braços horizontais que a cruz “convencional”. Isto representa a capacidade de se enxergar mais horizontes. A cúpula principal da Igreja representa a Coroa de Santa Isabel, Rainha de Portugal. Abaixo dessa Coroa, existem dezesseis retângulos, formando um octógono com lados diferentes. Existem quatro grupos de três retângulos, o que totaliza doze – 12 apóstolos. Os demais são os quatro lados restantes do octógono e representam os quatro evangelistas. Esta parte da obra ainda não está pronta, já que consta do projeto da construção ilustrações em cada um dos retângulos, cada uma com uma figura de Apóstolo ou Evangelista. A outra cúpula parcial (apenas 180°) possui dois níveis, com cinco flores, totalizando dez. Acreditamos que simbolize os Dez Mandamentos, informação esta não confirmada. Existem ainda diversos vitrais: O vitral mais ao fundo retrata o Milagre das Rosas de Santa Isabel. Os dois maiores laterais retratam o episódio em que Santa Isabel conseguiu impedir a guerra entre seu marido, D. Diniz e seu filho; e o outro, novamente o Milagre das Rosas. Os dois vitrais laterais mais estreitos e altos retratam a Última Ceia e o Batismo de Jesus por João Batista no rio Jordão. Ao fundo, existem mais quatro vitrais laterais que retratam quatro anjos, onde estão escritos quatro “características” necessárias para se chegar à santidade: Justiça, Temperança, Prudência e Fortaleza. Todos os demais vitrais são simples, estando gravados os desenhos de rosas e de coroas. No lado externo, em sua fachada, a igreja possui retratada mais uma vez o milagre das rosas, neste caso montado com pastilhas na parede.